自作PCの比較項目を列挙しておきます。
1. 性能
ベンチマークソフト
PCMark 10：基本性能を比較する
CINEBENCH, 3DMark, FF15 etc.：グラフィック性能を比較する
CrystalDiskMark：メモリ、ディスクの性能を比較する
2. 価格
同等の市販品と比較すればいいんじゃないでしょうか。市販品ではなく敢えて自作しているわけですから、こだわりのあるところにちゃんとお金を掛けているかどうかでしょう。
3. 消費電力
どんなソフトを動かすかで大きく変わるので、実際組んだ後に実測するのがいいと思います。
4. 騒音
意外と盲点になっているのが騒音です。CPU・グラボ・電源・ケースのファンやHDD（を使うなら）の可動部やコイルの発振（「コイル鳴き」と称する）が騒音源です。SSDにしたりファンの数を減らせば騒音は下がりますが後者は発熱・排気との兼ね合いです。
一定の低音は許容範囲と思いますが、キーンという高音は（なんらかの問題があるかもなので）なんとかしたいところです。
5. ケースの大きさ、デザイン、内部ライトアップなどの見栄え
用途や自作の目的、好みや感性、によって大きく左右されるのでここでこれ以上は触れません。
ここまで
